Le droit coutumier international est un élément crucial du droit international des droits de l'Homme. Selon la définition donnée dans le Statut de la Cour Internationale de Justice, le droit coutumier international désigne la « preuve d’une pratique générale, acceptée comme étant le droit ». Pour qu'une pratique constitue un droit coutumier international, son contenu doit faire l'objet d'un vaste consensus et son application doit être universelle. Certaines parties des Conventions de Genève, qui ont été largement ratifiées, sont une coutume internationale généralement reconnue. Aux yeux de certains éminents juristes, la Déclaration Universelle des Droits de l'Homme devrait aussi être incluse dans le droit international coutumier.
 
Le jus cogens est un type particulier de droit coutumier international. Dans ce domaine, certaines normes, comme le droit de ne pas subir l'esclavage, la torture ou le génocide, ne peuvent faire l'objet d'aucune dérogation. Ces normes sont légalement contraignantes pour tous les États, quels que soient les traités signés, et ne peuvent pas être modifiées par le droit conventionnel.
 
Une des raisons de l'importance critique de la coutume dans le droit international des droits de l'Homme vient du fait que le droit coutumier international peut, dans certaines situations, donner lieu à une compétence universelle. La compétence universelle permet aux États de juger les personnes accusées d'avoir commis certains crimes (comme la torture, les crimes contre l'humanité ou crimes de guerre) dans des cours pénales nationales, indépendamment du lieu où a été commis le crime, de la nationalité ou du lieu de résidence de l'accusé. Les crimes susceptibles de donner lieu à des poursuites au titre de la compétence universelle sont ceux dont la gravité évidente en fait des crimes contre l'humanité entière.